Muzeum powstało w ramach realizowanego na Pomorzu i Kujawach projektu pod nazwą „Szlak męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki”, z udziałem środków z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Uroczyste otwarcie muzeum odbyło się pięć lat po beatyfikacji kapłana - 07 czerwca 2015 r. Opiekę nad sanktuarium Męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki, sprawuje Zgromadzenie Braci Pocieszycieli z Getsemani, a kustoszem muzeum jest o. Damian M. Kosecki.
Ekspozycje Muzeum składa się z trzech sal. Pierwsza sala prezentuje dzieciństwo i młodość ks. Jerzego Popiełuszki, korytarz - prowadzi w entuzjazm „Solidarności”, druga sala - ukazuje emocje związane ze strajkami, mszami za Ojczyznę, to okres prześladowań, szykanowanie i śledzenie duchownego. Ostatni etap to opowieść o porwaniu i męczeńskiej śmierć księdza Jerzego.
Dwie pierwsze sale to połączenie panoramicznego kina, telewizji, elementów animacji, dźwięku oraz gry światła. Na ekranie prezentowane są filmy, rekonstrukcje, fragmenty filmu fabularnego, inscenizacje z udziałem aktorów, materiały archiwalne z polskich kronik filmowych, trójwymiarowe fotografie po których oprowadza wirtualny przewodnik muzealny.