W ramach przygotowań do prób docelowego aparatu, w listopadzie 2018 roku, należący do NASA McDonnell Douglas F/A-18 Hornet wykonał serię lotów nad gęsto zaludnionymi rejonami aglomeracji Houston. W trakcie trwających dwa tygodnie lotów, samolot wykonywał manewry, które swoim hałasem miały przypominać cichy grom, jaki ma wywoływać docelowy X-59. Podczas prób, zbierano informacje od mieszkańców na temat odczuwanego przez nich poziomu hałasu, oraz dane pozyskane z dwudziestu rozstawionych na ziemi mikrofonów.
28 października 2025 roku, maszyna wzbiła się do swojego dziewiczego lotu. Za sterami siedział pilot Nils Larson. X-59 wystartował o 08:14 lokalnego czasu z lotniska należącego do US Air Force zakładu Nr 42 w Palmdale w Kalifornii. Konstrukcja osiągnęła maksymalną wysokość lotu około 3 500 metrów i prędkość rzędu 450 km/h. O 09:21 samolot wylądował w bazie Edwards AFBOblot doświadczalnego samolotu X-59, "Lotnictwo", nr 11 (2025), s. 12, ISSN 1732-5323.