Rozbudowano go wówczas wzdłuż osi wschód-zachód i wzniesiono kaplice boczne. Kolejna restauracja miała miejsce w latach 1758–1759 pod kierunkiem Bernardina Maccaruzziego. Jego dziełem jest monumentalna empora organowa. W 1797 roku scuola została zniesiona przez Napoleona.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Zgodnie z tym dekretem kościół w 1806 roku został przekazany na rzecz państwa i ponownie otwarty dopiero w 1822 roku. Nowa Scuola Grande di San Giovanni Evangelista została założona w 1929 roku. W 1931 roku kościół został przekazany jej na stałe zachowując nadal status kościoła konsekrowanego.
Architektura Marmurowa przegroda Marmurowa przegroda dzieląca placyk między kościołem a scuolą, ukończona około 1485 roku, przypisywana jest zwykle Pietrowi Lombardo. Aż do momentu rozwiązania scuoli znajdowały się w niej drzwi. W półkolistym tympanonie widnieje orzeł, symbol św. Jana Chrzciciela.
Kampanila Mająca 30 m wysokości kampanila została przebudowana przez Maccaruzziego w 1759 roku.