Jednak brak doświadczenia w dowodzeniu dużymi jednostkami wojskowymi oznaczał dla niego konieczność służby jako dowódca Szkoły Latania nr 2 i dowódca niewielkiej stacji lotniczej RAF w Digby, dopóki nie przydzielono mu funkcji oficera sztabowego za granicą. Został wysłany do Iraku w Boże Narodzenie 1935 r., gdzie został awansowany na generała brygady (ang. Air Commodore) 1 stycznia 1936 r. W grudniu 1937 r. powrócił do Anglii, gdzie został mianowany dowódcą 12 Grupy Myśliwskiej.
II wojna światowa Bitwa o Anglię Leigh-Mallory po objęciu dowództwa nad 12 Grupą Myśliwską okazał się energicznym organizatorem i liderem. 1 listopada 1938 r. awansował na generała dywizji (ang. Air Vice-Marshal), stając się zarazem jednym z najmłodszych oficerów brytyjskiego lotnictwa noszących ten stopień. Był dowódcą lubianym przez podwładnych, ale jego relacje z dowódcami innych stacji lotniczych były dość napięte.