Początek XXI wieku: między IV ligą a klasą A Początek nowego stulecia to dla klubu występy na szczeblu wojewódzkim na czwartym poziomie rozgrywkowym. Przygoda z IV ligą nie trwała jednak długo, ponieważ w 2003 roku drużyna, zajmując ostatnie miejsce, została relegowana do ligi okręgowej. Przez ponad dekadę sytuacja ta utrzymywała się, a Wieczysta regularnie zajmowała pozycje w środkowej części tabeli. W sezonie 2014/2015 KS Wieczysta zajęła przedostatnie miejsce w lidze okręgowej, spadając tym samym do A klasy. Pobyt na tak niskim szczeblu nie trwał jednak długo. W drugim sezonie udało się wywalczyć awans do klasy okręgowej.
2020–2022: nowe otwarcie, Wieczysta idzie w górę Głośno o Wieczystej zrobiło się w czerwcu 2020 roku, kiedy spory kapitał w klub zdecydował się zainwestować przedsiębiorca Wojciech Kwiecień.
W sezonie 2020/2021 Wieczysta Kraków pod wodzą Przemysława Cecherza wygrała wszystkie 28 meczów w sezonie i z bilansem bramkowym 216:8 wywalczyła awans do IV ligi. Dołożyła również do tego zdobycie Pucharu Polski na szczeblu krakowskim (w finale pokonując 4:0 Cracovię II) oraz Puchar Polski okręgu małopolskiego (po finałowym zwycięstwie 4:0 z Popradem Muszyna.
W 2021 roku trenerem zespołu został Franciszek Smuda, a wcześniej w drużynie grali m.in.