Internowanie i radziecka niewola Zaraz po przekroczeniu granicy polsko-litewskiej przez ostatnie wozy batalionu pojawiły się czołgi sowieckie, które zatrzymały się na tejże granicy. Baon przybył do miejscowości Kopciowo, gdzie złożył broń na żądanie władz litewskich. Tutaj nastąpił postój, a Litwini nakarmili polskich żołnierzy. W Olicie oddzielono oficerów od żołnierzy, a ci pierwsi trafili na krótko do Rakiszek, po czym przeniesiono ich do obozu w Kalwarii na Suwalszczyźnie. W listopadzie 1939 roku wraz z por. Kłosińskim przebywało w obozie internowania w Kalwarii około sześciuset oficerów Wojska Polskiego. Po aneksji Litwy przez ZSRR, dokonanej w czerwcu 1940 r., trafił w dniu 10 lipca 1940 roku do obozu w Putywlu na Ukrainie, a z dniem 22 czerwca 1941 r. przeniesiony został do obozu NKWD w Griazowcu (Rosja). W wyniku „amnestii” ogłoszonej po podpisaniu układu Sikorski-Majski został zwolniony z obozu. W dniu 3 września 1941 roku przybył do Tatiszczewa, gdzie wstąpił do organizowanych tam Polskich Sił Zbrojnych dowodzonych przez gen. dyw.