Po uzyskaniu przewagi w Bucharze przez bolszewików Fitrat i inni wyżsi urzędnicy zostali usunięci ze stanowisk i deportowani do RFSRR w 1923 (w następnym roku bucharskie państwo zostało włączone do ZSRR). W 1924 wrócił do Uzbekistanu i został nauczycielem literatury w szkołach średnich, a w 1928 na uniwersytecie w Samarkandzie. Znał język rosyjski i arabski oraz prawdopodobnie urdu.
W 1937, mimo że od ponad 10 lat nie angażował się w politykę, został aresztowany podczas wielkiego terroru i w następnym roku skazany na śmierć i stracony. Pośmiertnie zrehabilitowano go podczas destalinizacji. Prawie wszystkie jego utwory były w ZSRR zakazane aż do okresu głasnosti w drugiej połowie lat 80.
Dzieła Ważniejsze jego utwory to Munozora (Kontrowersje, 1909) i Bajonot-i sajjoh-i hindi (Wyjaśnienia indyjskiego wędrowca, 1912). Dotyczą one rozważań o duchowym i materialnym upadku społeczeństwa środkowej Azji. W Munozorze przedstawia debatę na temat konfliktu wartości muzułmańskich i europejskich toczącego się w Indiach między Europejczykami a muzułmańskimi nauczycielami z Buchary. Doszedł do wniosku, że niegdyś zjednoczony i dynamiczny islam stał się zacofany i uległ nadmiernej instytucjonalizacji pod wpływem duchowieństwa.