Rafajłowcz był również aktywny w tłumaczeniach. Ocenił katechizm przetłumaczony przez Jana Seklucjana na język polski i zatwierdził go do użycia w diecezji pomezańskiej pomimo pewnej krytyki i oporu ze strony duchowieństwa. Pracował nad tłumaczeniem Biblii na język polski. Z zachowanych do dziś listów wynika, że Rafajłowicz korespondował z Bernardem Wojewódką, drukarzem z Krakowa, o założeniu sklepu w Królewcu w celu drukowania polskiej Biblii. Rafajłowicz przetłumaczył co najmniej jeden hymn na litewski. Wszystko wskazuje na to, że była to pieśń Patris sapientia, veritas divinaGirdzijauskas, Juozas (1986). "Stanislovo Rapolionio lietuviško teksto poetikos bruožai". w: Ulčinaitė Eugenija, Tumelis Juozas: Stanislovas Rapolionis. Lietuvos mokslo paminklai (lit.). Wilno: Mokslas. s. 121. OCLC 29703259., która ma dziesięć zwrotek. Hymn został opublikowany jako Giesme ape kenteghima Jhesaus Christaus amszinoija Diewa sunaus w 1570 roku w kancjonale Martynasa Mažvydasa. Jest to jedyny zachowany tekst Rafajłowicza w języku litewskim. Naukowcy uważają, że Rafajłowicz zaczął tłumaczyć również Biblię na język litewski chociaż nie ma na to bezpośrednich dowodów.