następnie w dokumentach z 1470 wspomniany jest drewniany kościół pod wezwaniem św. Idziego. Stał on w innym miejscu niż obecnie, w zachodnim krańcu wsi, w miejscu zwanym Niwa. (O tym miejscu przypomina jeszcze dziś drewniany krzyż). Parafia należała wówczas do dekanatu kazimierskiego. W roku 1396 proboszczem parafii był niejaki Pełka W czasach Reformacji Kacper Smolik, właściciel Bobina, w 1565 spalił i sprofanował kościół i przez 48 lat parafia była w rękach innowierców. W 1595 wieś położona w powiecie proszowickim województwa krakowskiego była własnością kasztelana małogoskiego Sebastiana LubomirskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 108.. W 1613 Sebastian Lubomirski, właściciel Bobina, ufundował nowy kościół, modrzewiowy, na obecnym miejscu, a z resztek ruin starego kościoła ufundował wikarię i dom dla nauczyciela w Kazimierzy Wielkiej. Pierwszy proboszcz tego nowego kościoła i przywróconej parafii został wyznaczony przez Stanisława Lubomirskiego, syna Sebastiana, i był nim proboszcz w Podolińcu na Spiszu (obecnie na Słowacji), mieszczanin krakowski, ks. Wojciech Sporewius. Kościół został konsekrowany w 1623 przez biskupa Tomasza Oborskiego. Ówczesnym proboszczem był Gallus Łopiensius.