Opis Nowy, mroczny Raiden postanawia chronić Wymiar Ziemski poprzez zniszczenie wszystkich jego wrogów, czego przykładem jest dekapitacja przegranego, upadłego boga Shinnoka. To inspiruje Kronikę – Tytankę oraz Strażniczkę Czasu – do napisania na nowo całej historii Wszechświata, tak aby Raiden nie istniał i nie pokonał Shinnoka – jej syna.
Główna antagonistka manipuluje podległą jej mistyczną Klepsydrą, wskutek czego powstaje interferencja (zmieszanie) linii czasu. Do teraźniejszości zostają sprowadzone z przeszłości postacie Liu Kanga, Kunga Lao, Kitany, Skarlet, Scorpiona, Shao Kahna, Kano, Sonyi Blade, Johnny’ego Cage’a, Jacksona Briggsa, Errona Blacka, Baraki, Jade’a i Kabala. Na mrocznego Raidena – jako boga piorunów – moce Kroniki działają inaczej. Dematerializuje się on, a przy istnieniu pozostaje tylko jego niezepsuta złymi mocami wersja z przeszłości.