W 1968 był inicjatorem utworzenia Austriackiej Służby Rozwoju (ÖED), której zadaniem jest świadczenie pomocy dla krajów Trzeciego Świata.

Episkopat 1 września 1969 papież Paweł VI mianował go biskupem pomocniczym diecezji Linz oraz biskupem tytularnym siccennańskim. 26 października 1969 w katedrze w Linzu przyjął sakrę biskupią z rąk biskupa Linzu Franza Salesa Zaunera. Współkonsekratorami byli biskup Tororo James Odongo oraz ordynariusz polowy Austrii bp Franz Žak.

Należał do liberalnego skrzydła Kościoła. Odegrał ważną rolę na synodzie diecezjalnym w Linzu w latach 1970–1972, na którym wprowadzano posoborową reformę Kościoła. Od 1 sierpnia 1973 był wikariuszem generalnym diecezji Linz. W Konferencji Episkopatu Austrii odpowiadał za pomoc rozwojową i duszpasterstwo.

12 października 1981 papież Jan Paweł II mianował go wiceprzewodniczącym Papieskiej Rady Cor Unum (odpowiedzialnej za katolickie dzieła charytatywne). Jego nominacja była zaskoczeniem, gdyż był uznawany za pewnego kandydata na wakujące od 1980 stanowisko biskupa Linzu. Krążyły wówczas niepotwierdzone plotki, iż nominacja ta została zablokowana przez środowiska konserwatywne z powodu zbyt liberalnych poglądów bpa Wagnera.