Wzrost poczucia zagrożenia infiltracją protestanckiej propagandy, trudności trybunału z Valladolid z utrzymaniem kontroli nad tak rozległym obszarem jurysdykcji i naciski ze strony króla Filipa II spowodowały jednak, że po kilku latach Suprema powróciła do zarzuconego projektu i w 1574 definitywnie utworzono w Santiago de Composteli trybunał inkwizycji dla regionu Galicji. W początkowej fazie działalności był on skoncentrowany na stosunkowo drobnych występkach, takich jak bigamia, bluźnierstwa czy nieortodoksyjne opinie. W Galicji nie było bowiem licznych społeczności morysków i wbrew obawom władz nie pojawiły się tam też żadne zorganizowane grupy protestanckie. Sytuacja zmieniła na początku XVII wieku, gdy do Hiszpanii zaczęło przyjeżdżać coraz więcej portugalskich marranów (judaizantów) uciekających przed prześladowaniami inkwizycji portugalskiej. Galicja, jako region pograniczny, był w dość znacznym stopniu dotknięty tą imigracją, a ortodoksyjność imigrantów od początku wzbudzała podejrzenia. Portugalscy judaizanci stanowili prawie ¼ podsądnych trybunału przed rokiem 1700.