Działania te oznaczały naruszenie postanowień pokoju augsburskiego z 1555 (zgodnie z którym księstwa biskupie miały pozostać w rękach katolików – w razie przejścia biskupa na protestantyzm miał zrezygnować z urzędu i na jego miejsce miał być wybrany katolik), a także równowagi politycznej pomiędzy katolikami i protestantami w Rzeszy – stanowiły szczególnie silny impuls dla rozwoju protestantyzmu w tej części Europy oraz mogło dać książętom protestanckim większość w kolegium elektorskim, co mogło spowodować w przyszłości wybór protestanckiego cesarza. Spowodowało to silny opór katolickiej części kapituły, cesarza i papieża. 1 kwietnia 1583 papież Grzegorz XIII ogłosił ekskomunikę Gebharda i pozbawienie go arcybiskupstwa Kolonii, a 23 maja tego roku kapituła katedralna wybrała na nowego arcybiskupa Ernesta Wittelsbacha, zapewniając sobie pomoc wojsk bawarskich i hiszpańskich.