Jana Chrzciciela.
W 1213 roku został przebudowany dzięki wsparciu rodziny Pesaro. 29 sierpnia 1358 roku flota wenecka pokonała u wybrzeży Negroponte flotę genueńską. Ponieważ stało się to w dzień tańca Salome, który doprowadził do ścięcia św. Jana Chrzciciela, zwycięstwo to przypisano wstawiennictwu świętego, a doża złożył przysięgę, że co roku będzie w to święto nawiedzał kościół; przysięgi tej jednak dotrzymał tylko przez kilka lat. Uroczystości przeniesiono wkrótce do bazyliki św. Marka, bo kościół okazał się do tego celu za mały.
W 1703 roku zbudowano obecną fasadę.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1807 roku parafia San Giovanni Battista Decollato została zniesiona, a kościół zamknięty. W 1818 roku po odrestaurowaniu został ponownie otwarty jako oratorium w parafii San Giacomo dell’Orio.