W młodości chciał wstąpić do PZPR. Od lat 80. działał w katolickim Ruchu Światło-Życie. W 1989 roku był jednym ze współtwórców protestanckiej Wspólnoty Chrześcijańskiej „Pojednanie”. W 1996 roku z grupy wyodrębnił się bardziej radykalny teologicznie nurt, na czele którego stanął Chojecki. Wspólnie z Jackiem Burym i swoimi zwolennikami powołał do istnienia Kościół Nowego Przymierza (został oficjalnie zarejestrowany jako związek wyznaniowy w 1997 roku).
W 2003 roku rozpoczął wydawanie czasopisma o tematyce społeczno-politycznej „Idź Pod Prąd”. Jednocześnie sam Chojecki zaczął aktywniej angażować się politycznie. W 2005 roku wstąpił do Unii Polityki Realnej, a w 2008 roku został szefem struktur lubelskich. 17 października 2009 roku został także członkiem Rady Głównej UPR i rzecznikiem prasowym partii. 6 maja 2010 roku został z tej funkcji odwołany przez Magdalenę Kocik ze względu na popieranie PiS-u. . W roku 2007 pochwalił politykę prowadzoną przez braci Kaczyńskich: