We wrześniu 1941 r. zaproponowano mu pracę w Moskwie, ale odmówił i pozostał w okupowanym Charkowie z dwoma synami, chorą żoną i niepełnosprawną teściową. Pod koniec listopada 1941 r. był bezrobotny. 24 listopada 1941 r. dostał pracę w Okręgowej Radzie Gospodarki Gruntami w Charkowie, gdzie pracował jako szef działu ekonomicznego i statystycznego. W lipcu 1943 r. odwiedził Niemcy w ramach delegacji agronomów z regionu Charkowa. Na początku sierpnia 1943 r., w okresie aktywnych walk o Charków, jego żona przeniosła się do Kijowa ze swoimi synami Władimirem (1926) i Aleksandrem (1927). Stamtąd przenieśli się razem w rejon Odessy.
Od 13 września 1942 r. do 24 stycznia 1943 r. pięć artykułów S. Sosnowego poświęconych analizie wydarzeń związanych z kolektywizacją i głodem w latach 1932–1933 na Ukrainie zostali opublikowane na stronach tygodnika „Nowa Ukrajina”. W artykułach Sosnowy analizował proces nacjonalizacji sektora rolnego gospodarki w Ukraińskiej SRR, krytykując politykę bolszewików na wsi. Zaznaczył, że dzięki zmniejszeniu inwentarza żywego w latach kolektywizacji wyeliminowano także niezależność ekonomiczną ukraińskiego chłopa. Analizując rolę MTS, S. Sosnowy wykazał, że utworzenie i nałożenie tych powiązań na Ukrainie doprowadziło w rzeczywistości do powstania państwowego monopolu rolnego.