Fedukowicz 9 listopada 1924 podpisał podsunięty mu przez czekistów list otwarty do papieża Piusa XI, w którym oskarżył polskich księży działających na sowieckiej Ukrainie o działalność szpiegowską na rzecz Polski, wobec czego podejmowane przez komunistów prześladowania duchownych są zupełnie sprawiedliwe i naturalne. List został wydrukowany w wielu sowieckich gazetach. Ks. Fedukowicz po jego podpisaniu został zwolniony z więzienia, w wyniku tortur był jednak według słów konsula RP w Kijowie Michała Świrskiego, zapisanych w raporcie wysłanym do Warszawy, na wpół obłąkany i zniedołężniały. Konsul Świrski apelował do władz RP o ewakuację ks. Fedukowicza z ZSRS, jednak nie doszła ona do skutku. 4 stycznia 1925 ks. Fedukowicz w proteście przeciwko władzy sowieckiej dokonał samospalenia.
W lipcu 1935 komuniści aresztowali i wywieźli kolejnego proboszcza parafii ks. Jachniewicza. Przez kolejne dwa lata wierni sami odprawiali nabożeństwa w kościele. W 1937 kolejnym proboszczem został ks. Jędruszczak. Jednak wówczas przypadło apogeum prześladowań Kościoła katolickiego wraz z rozpoczęciem operacji polskiej NKWD. Ks. Jędruszczak został aresztowany, a katedra św. Zofii znacjonalizowana i zmieniona na archiwum.