Była kierownikiem oddziałów tego archiwum gromadzących akta staropolskie i zbiory kartograficzne.
W 2022 z okazji jubileuszu 90-lecia Janiny Stoksik ukazały się w „Krakowskim Roczniku Archiwalnym” jej biografia, wykaz opracowanych zespołów archiwalnych i bibliografia jej dorobku naukowego.
Działalność naukowa Jest autorką lub współautorką ponad 50 publikacji naukowych z zakresu historii Polski XVII–XVIII wieku, historii geodezji i kartografii polskiej tego okresu ze szczególnym uwzględnieniem kartografii wielkoskalowej: rękopiśmiennych, zazwyczaj wielobarwnych map, zachowanych w polskich zbiorach archiwalnych, bibliotecznych, klasztornych i muzealnych, autorstwa głównie geometrów małopolskich.
Opublikowała także prace z zakresu historii i genezy galicyjskiego katastru gruntowego z połowy XIX wieku, którego powstanie poprzedzone zostało sporządzeniem map gruntowych i opisów do nich metryki józefińskiej w końcu XVIII wieku i metryki franciszkańskiej w początkach XIX wieku. Austriacki kataster gruntowy z połowy XIX stulecia stanowił najwyższe osiągnięcie ówczesnej techniki pomiarowej, daleko wyprzedzające działania podejmowane w tym zakresie przez pozostałe państwa zaborcze: Prusy i Rosję. Ustalenia katastru galicyjskiego obowiązywały na terenie Polski południowej do początków drugiej połowy XX wieku.