Zmiany wizualne w Nautilusie w stosnku do poprzednika wprowadzono także w tylnej części nadwozia. Zmieniono tam wkłady lamp, które połączono biegnącym przez klapę bagażnika świetlnym pasem. Zmiany objęły także kabinę pasażerską, gdzie zastosowano nowy wzór koła kierownicy, większy dotykowy wyświetlacz systemu multimedialnego, a także przemodelowany panel przycisków w konsoli centralnej. Kluczową nowością zostały siedziska pierwszego rzędu z rozbudowanym, 22-płaszczyznowym zakresem regulacji i funkcją masażu. Producent zastosował szerszy zakres personalizacji kabiny pasażerskiej poprzez nowe kolory skórzanego obicia foteli i deski rozdzielczej.
W stosunku do modelu MKX, Lincoln Nautilus przeszedł także zmiany w gamie jednostek napędowych. Zamiast dotychczasowego 3,7 litrowego V6 wprowadzono nową gamę dwóch jednostek Forda z rodziny EcoBoost. Podstawowy, 245-konny czterocylindrowy motor zyskał pojemność 2 litrów, z kolei topową jednostką pozostało 335-konne V6 o pojemności 2,7 litra. W obu przypadkach zastosowano wyłącznie 8-biegową automatyczną skrzynię biegów przenosząca moc na przednią oś lub obie z nich.