23 lutego „Protée” próbował zatrzymać napotkany statek handlowy, który odpowiedział ogniem z działa pokładowego, zmuszając okręt do zanurzenia. Niedoszłym niemieckim łamaczem blokady okazał się francuski parowiec „Aragaz” (5009 BRT), a do zdarzenia doszło na pozycji . 18 kwietnia okręt opuścił Casablankę i w eskorcie niszczyciela „Trombe” 19 kwietnia pokonał Cieśninę Gibraltarską, dopływając 21 kwietnia do Bizerty.
W czerwcu 1940 okręt znajdował się w Bejrucie w składzie 3. dywizjonu okrętów podwodnych (wraz z „Actéon” i „Achéron”), a jego dowódcą był kmdr ppor. J.M.L.J. Garreau. 10 czerwca, po wypowiedzeniu wojny przez Włochy jednostka opuściła bazę, udając się na patrol w rejon archipelagu Dodekanez, na wschód od Leros. Po podpisaniu przez Francję zawieszenia broni z Niemcami, Brytyjczycy podjęli kroki zmierzające do zapobieżenia przejęcia floty francuskiej przez III Rzeszę. Efektem tego była operacja Catapult, przeprowadzona na początku lipca 1940. W dniach 3-7 lipca w Aleksandrii doszło do neutralizacji okrętów francuskich tworzących tzw. Zespół „X” (pancernik „Lorraine”, krążowniki ciężkie , i , krążownik lekki „Duguay-Trouin”, niszczyciele i „Le Fortune” oraz okręt podwodny „Protée”).