Do najbardziej istotnych języków regionalnych Indonezji należy też język malajski, na który składa się ogromny repertuar odmian tradycyjnych i kreolskich. Regionalne odmiany malajskiego (w tym dialekty tradycyjne) mają łącznie dziesiątki milionów użytkowników, lecz nie jest jasne, które z nich powinny być rozpatrywane jako odmiany jednego języka. Nie wypracowano ścisłych kryteriów pozwalających odróżnić języki malajskie (grupę blisko spokrewnionych języków austronezyjskich) od dialektów języka malajskiego (właściwego). Niesprecyzowany jest też status kontaktowych odmian malajskiego, w tym odmian ze wschodniej Indonezji (np. malajskiego miasta Manado i malajskiego ambońskiego), często uchodzących za odrębne języki (lub wręcz języki kreolskie), ale czasem włączanych pod pojęcie języka indonezyjskiego.
Spisy ludności ograniczają się do podawania danych nt. największych języków kraju.
Grupy językowe