Jedna z hipotez szukała przyczyn transpłciowości w zaburzeniach hormonalnych matki podczas ciąży. Ten pogląd również nie doczekał się potwierdzenia. U gryzoni niedobór androgenów w ciąży u samców przejawia się zanikiem zachowań typowych dla tej płci w późniejszym życiu przy obecności prawidłowo ukształtowanych męskich narządów rozrodczych, natomiast nadmiar tych steroidów u samiczek wywoła u nich zachowania męskie. Hiperandrogenizacja podczas rozwoju wewnątrzmacicznego może skutkować zachowaniami chłopięcymi u genetycznych dziewczynek, jednakże nie rozwijają one zazwyczaj transpłciowości. Sytuację taką obserwuje się w przypadku wrodzonego przerostu nadnerczy, gdzie poddawana dużym stężeniom androgenów dziewczynka wykazuje typowe dla chłopca zainteresowania i zabawy, jest też bardziej agresywna. Towarzyszy temu maskulinizacja zewnętrznych narządów rozrodczych. Jednakże wedle Smitha i współpracowników (2005) hipoteza wpływu hormonów matki przy podatności genetycznej wydaje się obecnie najbardziej prawdopodobna. W końcu mózg mężczyzny rozwija się pod wpływem testosteronu, mózg żeński zaś w przypadku braku tego androgenu. Różnice w tym narządzie pojawiają się później i niezależnie od rozwoju narządów rozrodczych zewnętrznych.