Po rewolucji październikowej nastały prześladowania katolików. W 1922 w ramach akcji konfiskaty majątku cerkiewnego i kościelnego bolszewicy ograbili kościół ze wszystkich cennych przedmiotów. Sam kościół został zamknięty i znacjonalizowany 16 grudnia 1929. Opiekę nad tiumeńskimi katolikami do czasu rozstrzelania w 1937 sprawował ks. Franciszek Budrys (do 1933 proboszcz tiumeński, następnie do śmierci dziekan permski). W 1923 parafia liczyła ok. 300 wiernych w mieście i ok. 500 w jego okolicach. W ramach operacji polskiej NKWD pod zarzutem szpiegostwa, dywersji i uczestnictwa w Polskiej Organizacji Wojskowej aresztowano 14 tiumeńskich katolików, z których 13 rozstrzelano, a jeden zmarł w 1944 w łagrze w Kańsku.
Parafia została ponownie zarejestrowana w 1993. Podjęto wówczas starania o zwrot kościoła, zakończone sukcesem w 1998. Poświęcenie odzyskanego kościoła przez administratora apostolskiego Syberii bpa Josepha Wertha SI miało miejsce 25 grudnia 1998. W kolejnych latach kościół przeszedł gruntowną renowację.