Pozornie znalazłszy się w niełasce w wyniku zakulisowych działań na dworze Imperatora, wysłany został przez Palpatine’a ponownie na Nieznane Terytoria. Później działał także okazjonalnie na obszarach Imperium, będąc m.in. głównym architektem pogromu rebeliantów pod Derrą IV, pomógł także Lordowi Vaderowi osłabić przywódcę Czarnego Słońca, Xizora, organizując sprytny plan na jednego z jego vigów, również w latach 3-4 ABY prowadząc kampanię przeciwko przywódcy nieudanego zamachu stanu – admirałowi Zaarinowi. Po klęsce pod Endorem znów usunął się ze znanych obszarów Galaktyki (utrzymując jednak aż do upadku Coruscant łączność z tamtejszym rządem), aż do swojego powrotu około 9 lat po bitwie o Yavin.
Kampania Thrawna Imperium zastał w stanie rozpadu, rządy nad galaktyką sprawowała już Nowa Republika. Jako najwyższy stopniem oficer podjął się misji odzyskania władzy nad galaktyką, przejmując dowodzenie nad siłami ocalonymi i zebranymi przez kapitana Gilada Pellaeona. Znalazł położenie planety Wayland, gdzie mieściła się góra Tantiss z ukrytym skarbcem Imperatora. Odnalazł tam generator pola maskującego i cylindry klonujące Spaarti, a także szalonego klona mistrza Jedi, Joruusa C’Baotha.