Usamodzielnił się i założył własną pracownię w 1899 po wygraniu konkursu ogłoszonego przez władze Wiednia na dokończenie budowy Cmentarza Centralnego. Projekt ten obejmował budowę bramy głównej, dwóch sal pogrzebowych i kościoła cmentarnego św. Karola Boromeusza wraz z Nowymi Arkadami. Projekt ten stał się jego dziełem życia. Kościół jest obecnie często określany jako najważniejszy obok dzieła Otto Wagnera kościoła Steinhof secesyjny kościół” w Wiedniu. Max Hegele udatnie połączył w nim barokowy owalny plan budynku oraz potężnej kopuły (nawiązującej do Karlskirche w Wiedniu, a tym samym do bazyliki św. Piotra w Rzymie) z modernistyczną koncepcją elewacji i wnętrz. Nawiązanie przez niego do szeregu elementów architektonicznych charakterystycznych dla Otto Wagnera powoduje, że wielu z późniejszych historyków sztuki niesłusznie uważało go za ucznia tego ostatniego.
mały|Brama Główna na Cmentarz Centralny w Wiedniu