Uzyskanie niezależności od Hiszpanii przez Meksyk nie wniosło wielkich zmian w życie mieszkańców Nayarit. Lata 30. i 40. cechowały się sporami pomiędzy centralistami a federalistami. Lata 50. i 60. to okres wojny domowej pomiędzy stronnictwami liberałów i konserwatystów. Pokój przyniosła dopiero wygrana liberałów, w imieniu których władzę objął Benito Juarez. Po jego śmierci dyktatorskie rządy sprawował Porfirio Diaz, który przyniósł Nayarit oraz innym częściom kraju okres względnej stabilizacji i rozwoju gospodarczego. W 1859 roku, po raz pierwszy w historii, Nayarit stało się autonomiczną jednostką administracyjną (Terytorium Tepic).

W czasie rewolucji meksykańskiej, która rozpoczęła się w 1910 Nayarit stało się miejscem walk pomiędzy zwolennikami poszczególnych frakcji (Francisco Madero, Porfirio Díaz, Victoriano Huerta, Venustiano Carranza). Oprócz tego na terenie stanu działały oddziały słynnego Pancho Villi. Kiedy ostatecznie w całym kraju zwyciężył Carranza jego siły szybko opanowały całe Nayarit. W 1917 podczas konwencji konstytucyjnej Nayarit uzyskało formalnie status pełnoprawnego stanu. W 1918 uchwalona został konstytucja stanowa.