Kariera trenerska W 2010 objął funkcję drugiego trenera Orkanu. Parę miesięcy później został pierwszym trenerem tego klubu. W 2011 został trenerem Gryfa Wejherowo z którym w sezonie 2011/12 dotarł do ćwierćfinału Pucharu Polski i awansował do II ligi. 30 sierpnia 2012 został przez Komisję Dyscyplinarną PZPN ukarany karą ośmiu miesięcy dyskwalifikacji za korupcję sportową. W związku z nałożoną karą Niciński został zwolniony z funkcji trenera Gryfa, pozostał jednak w klubie w charakterze społecznego doradcy zarządu do spraw piłki nożnej. Po odbyciu kary, 16 lipca 2013 ponownie został trenerem Gryfa. Na stanowisku tym pracował do końca sezonu 2013/14.
Od 21 września 2014 do 10 kwietnia 2017 był trenerem Arki Gdynia, z którą w 2016 awansował do Ekstraklasy, a rok później do finału Pucharu Polski, przed którego rozegraniem został zwolniony.
Później pracował w Chrobrym Głogów, Gryfie Wejherowo, Bałtyku Gdynia. Od 13 czerwca 2024 roku trener Olimpii Grudziądz.