Na początku listopada 1939 roku „Le Conquérant”, „Achéron” i „Le Héros” opuściły Tulon i w eskorcie niszczyciela udały się do Casablanki, docierając do miejsca przeznaczenia 7 listopada. 1 grudnia 1939 roku dowództwo jednostki objął kpt. mar. P.G.L. Le Gall. 21 kwietnia 1940 roku okręt eskortowany przez niszczyciel „” wyszedł z Casablanki, docierając do Oranu dwa dni później.
W czerwcu 1940 roku okręt znajdował się w Tulonie w składzie 1. dywizjonu okrętów podwodnych, a jego dowódcą był nadal kpt. mar. P.G.L. Le Gall (jednostka przechodziła remont). 22 czerwca, w dniu zawarcia zawieszenia broni między Francją a Niemcami, po zakończonym remoncie „Le Conquérant” znajdował się w Hyères. W listopadzie 1940 roku „Le Conquérant” znajdował się w Tulonie w składzie 1. grupy okrętów podwodnych (wraz z „Le Héros”, „Le Glorieux” i „Le Tonnant”), gdzie został rozbrojony.
W listopadzie 1942 roku, kiedy doszło do lądowania aliantów w Afryce Północnej, „Le Conquérant” przechodził remont w Casablance. 8 listopada niesprawny okręt (bez peryskopu i uzbrojenia) opuścił port, chcąc przedrzeć się do Dakaru. 13 listopada jednostka została jednak dostrzeżona i zaatakowana przez dwie amerykańskie Cataliny z dywizjonu VP-92.