W 1632 r. na wieś napadli Tatarzy i zniszczyli wszystkie zabudowania, wraz z zamkiem i kościołem. W 1676 r. została zburzona druga świątynia, a na jej miejscu postawiono początkowo jedynie małą kaplicę. W 1727 r. arcybiskup lwowski Jan Skarbek zdecydował o przeniesieniu ocalonego z zamku obrazu przedstawiającego ukrzyżowanie Jezusa Chrystusa i uznawanego za cudowny, do kaplicy. Datę tę uważa się za symboliczny początek budowy kościoła św. Marii Magdaleny. Ze źródeł wiadomo, że budowa była finansowana przez samego arcybiskupa, natomiast nie jest jasne, kiedy się zakończyła; na pewno zaś nie przed 1741 r. Możliwe, że architektem kościoła był Piotr Polejowski.
W 1767 r. przy świątyni została wzniesiona murowana dzwonnica. Kościół św. Marii Magdaleny został konsekrowany w 1782 r. W XIX w. świątynia była kilka razy remontowana; największe prace trwały pomiędzy 1870 a 1882 rokiem, kiedy polski architekt Jan Sanoka zrekonstruował wieżę kościoła oraz zainstalował nowe organy. Z zachowanych relacji wiadomo, że ich grę słychać było w odległych o 8 km od Konkolnik Bołszowcach.
Podczas I wojny światowej kościół został poważnie uszkodzony i przeszedł generalny remont w latach 1924–1931. W latach 20.