Po nierównej walce pokonał Godzillę i uwięził Juniora w kryształowym więzieniu, po czym odleciał dalej.
Kosmogodzilla przeleciał nad Sapporo, Yamagatą i Kuwaną, aż osiedlił się w Fukuoce i zbudował kryształową fortecę wokół Fukuoka Tower stając się jego źródłem energii. Do Fukuoki przybyła wpierw M.O.G.U.E.R.A. oraz ścigający go Godzilla. Po serii zebranych cięgów Godzilla w końcu zaczął niszczyć kryształy, by osłabić moc Kosmogodzilli. Dodatkowo M.O.G.U.E.R.A. rozdzieliła się na dwa pojazdy: Star Falcon, który atakował Kosmogodzillę z powietrza i Land Moguera, który w międzyczasie uszkodził Fukuoka Tower. Pozbawiony głównego źródła mocy Kosmogodzilla stał się słabszy, zaś Godzilla i M.O.G.U.E.R.A. zniszczyli jego kryształy na barkach. Gdy Kosmogodzilla zdążył za pomocą ogona pozbyć się M.O.G.U.E.R.Y. Godzilla zdobył na tyle sił, by silniejszym termonuklearnym promieniem wysadzić kosmicznego klona w powietrze. Tym samym Junior został oswobodzony ze swego więzienia, zaś Godzilla rozpoczął powrót na Wyspę Narodzin, by zjednoczyć się ze swym synem.