To zerwanie z dotychczasowymi kategoriami estetycznymi XIX wieku wynikały w dużej mierze z podejmowanych przez niego nowych zadań architektonicznych takich jak domy towarowe, dworce kolejowe, fabryki, a przede wszystkim budowy wiedeńskiej kolejki miejskiej Stadtbahn (1894–1901) i rozbudowy nabrzeży na kanale Dunaju(1898-1908). Najlepszym przykładem przemiany stylowej Wagnera jest Pocztowa Kasa Oszczędności w Wiedniu, której wielka hala zwraca uwagę swoją prostotą i nowoczesnością z widocznymi stalowymi filarami i belkami, gładkimi powierzchniami ścian bez ozdób i jasnym szklanym sklepieniem na konstrukcji aluminiowej. W latach 1899–1905 był członkiem Secesji Wiedeńskiej, jej najbardziej charyzmatyczną postacią i liderem. W jego skład weszli także jego najbardziej utalentowani studenci i współpracownicy, tacy jak Joseph Maria Olbrich i Josef Hoffman. Starał się realizować ideę jedności architektury wielokrotnie projektując wyposażenie wnętrz i meble – zwłaszcza własnych mieszkań, m.in. w Wiedniu przy Köstlergasse 1-3, a także w dwóch kamienicach w Wiedniu, przy ul. Wienzeile 38-40. Podobnie postąpił także przy projektowaniu wnętrz kościoła szpitalnego św. Leopolda w Steinhof.