Działalność publiczna Funkcję wiceprezydenta Gdańska ds. polityki społecznej objął w grudniu 2014. Poinformował o tym prezydent Paweł Adamowicz podczas sesji Rady Miasta Gdańska, na której odbyło się zaprzysiężenie go na prezydenta miasta. Piotr Kowalczuk na funkcji wiceprezydenta zastąpił Ewę Kamińską. Został przewodniczącym Komisji ds. Rozwoju Społecznego Obszaru Metropolitalnego Gdańsk Gdynia Sopot, członkiem komisji branżowych Unii Metropolii Polskich, delegatem Miasta Gdańska w Związku Miast Polskich oraz członkiem Zarządu Krajowego Polskiego Komitetu Światowej Organizacji Wychowania Przedszkolnego OMEP. W wyborach samorządowych w 2018 wystartował do rady miasta Gdańska z ramienia stowarzyszenia Wszystko dla Gdańska, otrzymał 2014 głosów i nie zdobył mandatu radnego. Ponownie został mianowany zastępcą prezydenta Gdańska ds. polityki społecznej. W styczniu 2019, po zamachu na prezydenta miasta Gdańska Pawła Adamowicza, przestał pełnić obowiązki wiceprezydenta z powodu wygaśnięcia mandatu. W styczniu tego samego roku został powołany na stanowisko zastępcy prezydenta przez komisarz miasta Aleksandrę Dulkiewicz. W imieniu władz miasta, wkrótce po zamachu, spotkał się z matką zabójcy prezydenta Pawła Adamowicza. Po spotkaniu nawoływał do zaprzestania obrażania rodziny zamachowca.