Coldman ujawnia, że celem Peace Walkera jest obalenie wiary w odstraszanie nuklearne i przekonanie ludzi do podjęcia działania odwetowego w przypadku ataku nuklearnego. Peace Walker ma być wykonawcą tej idei. Nagle baza zostaje zaatakowana przez oddziały sowieckie dowodzone przez Gálveza, który okazuje się Vladimirem Zadornovem. Zadornov chce przejąć kontrolę nad Peace Walkerem dla Związku Radzieckiego, ale zostaje powstrzymany przez MSF i rebeliantów.
Po zakończonym starciu Zadornov zostaje pojmany, a ciężko ranny Coldman aktywuje łącze danych, przekonując NORAD (Dowództwo Obrony Północnoamerykańskiej Przestrzeni Powietrznej i Kosmicznej), że Stany Zjednoczone zostaną zaatakowane przez Związek Radziecki przy użyciu broni nuklearnej. Snake nawiązuje kontakt z NORAD i próbuje przekonać ich do zaniechania odwetu, jednak głównodowodzący sił wojskowych odrzuca jego prośbę i kontynuuje wdrażanie planu w oczekiwaniu na nadchodzący atak nuklearny.
W tym momencie osobowość The Boss przejmuje kontrolę nad sztuczną inteligencją Peace Walkera i zanurza go w jeziorze Cocibolca, przerywając transmisję i eliminując zagrożenie. Snake, wraz z resztą MSF, obserwuje zatopienie Peace Walkera i oddaje hołd The Boss, którą uważał za swojego mentora i inspirację.