19 listopada 1939 roku okręty podwodne „Le Glorieux”, „Psyché” i „Méduse”, eskortowane przez niszczyciel wyszły z Casablanki, docierając dzień później do Oranu, gdzie „Le Glorieux” został poddany remontowi.
W czerwcu 1940 roku okręt znajdował się w Dakarze w składzie 1. dywizjonu okrętów podwodnych (wraz z „Le Héros”), a jego dowódcą był nadal kpt. mar. J.C.P. Champel. 4 lipca, po ataku Brytyjczyków na Mers el-Kebir, stacjonujące w Dakarze okręty podwodne „Le Glorieux” i „Le Héros”, niszczyciele i oraz cztery krążowniki pomocnicze wyszły w morze po otrzymaniu rozkazu zaatakowania brytyjskiej żeglugi. 2 listopada 1940 roku „Le Glorieux”, „Le Héros” oraz dwa parowce wyszły z Casablanki i w eskorcie awiza „” pokonały Cieśninę Gibraltarską, docierając 5 listopada do Oranu. W listopadzie 1940 roku „Le Glorieux” znalazł się w Tulonie w składzie 1. grupy okrętów podwodnych (wraz z „Le Conquérant”, „Le Héros” i „Le Tonnant”), gdzie został rozbrojony zgodnie z warunkami zawieszenia broni między Francją a Niemcami.