Związała się z ugrupowaniem Junts per Catalunya. W 2016 dołączyła do sekretariatu krajowego Assemblea Nacional Catalana, organizacji skupiającej katalońskie środowiska niepodległościowe. W lipcu 2017 została członkiem regionalnego rządu Carlesa Puigdemonta, w którym odpowiadała za sprawy edukacji. Gabinet ten został odwołany w październiku 2017 decyzją hiszpańskiego premiera po nieuznawanej przez władze centralne katalońskiej deklaracji niepodległości. Clara Ponsatí znalazła się w grupie pięciu członków rządu, którzy uniknęli tymczasowego aresztowania, wyjeżdżając z Hiszpanii do Belgii. W grudniu 2017, pozostając poza Hiszpanią, uzyskała mandat posłanki do katalońskiego parlamentu, z którego jednak zrezygnowała na początku kadencji w styczniu 2018. W Hiszpanii podjęto próby jej zatrzymania na podstawie kolejnych europejskich nakazów aresztowania. W międzyczasie powróciła do Szkocji, gdzie ponownie została profesorem na University of St Andrews.