Wojna ujawniła, że Niemcy nie są w stanie zapewnić bezpieczeństwa swoim obywatelom przebywającym aktualnie w Ruandzie. Ewakuację przeprowadzili belgijscy spadochroniarze. Niemiecki minister obrony Volker Rühe zezwolił na rozpoczęcie prac nad jednostką, która pozwoli m.in. na ewakuację obywateli niemieckich poza granicami RFN. W 1994 r. opracowano podstawową koncepcję przyszłych niemieckich sił specjalnych. KSK zaczęto tworzyć w 1996 r., natomiast oficjalnie została ona utworzona 1 kwietnia 1997 r.
KSK swój chrzest bojowy przeszła na Bałkanach, kiedy brała udział w operacjach związanych z aresztowaniami zbrodniarzy wojennych. Działała też kilkakrotnie w Bośni i Hercegowinie oraz w Kosowie, szczegóły tych działań nie zostały ujawnione. Aktualnie jednostka bierze udział w operacji Enduring Freedom, działając m.in.