14 lipca 2020 r. ówczesny minister sprawiedliwości i prokurator generalny Zbigniew Ziobro wniósł sprzeciw od decyzji ministra spraw wewnętrznych i administracji o wpisie Reformowanego Kościoła Katolickiego w Polsce do rejestru z zamiarem wykreślenia go z owego rejestru. Do sprawy włączył się Rzecznik Praw Obywatelskich, uważając, że wykreślenie Kościoła byłoby niezgodne z Konstytucją RP. W czerwcu 2021 WSA w Warszawie wstrzymał decyzję MSWiA o wykreśleniu Kościoła z rejestru, natomiast 13 października 2022 całkowicie ją uchylił. 27 czerwca 2024 roku Naczelny Sąd Administracyjny podtrzymał decyzję WSA, tym samym potwierdził prawa reformowanych katolików.
22 sierpnia 2020 roku Synod Reformowanego Kościoła Katolickiego w Polsce wybrał Biskupa Kościoła, którym został dotychczasowy Archidiakon prezbiter Tomasz Puchalski.
Według danych Narodowego Spisu Powszechnego z 2021 roku, przynależność do Reformowanego Kościoła Katolickiego w Polsce zadeklarowały 194 osoby.