1 kwietnia 1934 Rosenbauer został zmuszony do przejścia na emeryturę jako dyrektor szkoły fabrycznej. Do II wojny światowej był w stanie zrealizować tylko kilka projektów jako niezależny architekt. W latach 1939–1943 pełnił służbę wojskową w Stargardzie, podczas nalotów alianckich zniszczone zostało jego mieszkanie i studio w Szczecinie.
W 1943 opuścił Szczecin i powrócił do Limburg an der Lahn, następnie od 1952 mieszkał z rodziną w Nonnenhorn nad Jeziorem Bodeńskim. W 1961 zamieszkał w Tutzing nad jeziorem Starnberg. Po 1945 oprócz kilku projektów kościołów oraz projektu Międzynarodowej Wystawy Sztuki Chrześcijańskiej w Ravensburger poświęcił się sztuce, stworzył wiele rysunków i linorytów, często o tematyce krajobrazowej lub filozoficzno-religijnej.
Gregor Rosenbauer został pochowany na Nowym Cmentarzu w Tutzing, jego majątek w 2012 został przekazany przez rodzinę do Muzeum Architektury Politechniki w Monachium.