Warszawa Władze komunistyczne nalegały, żeby pochować go w rodzinnej parafii, Suchowoli pod Dąbrową Białostocką. Pojawił się pomysł pochowania kapłana na Powązkach. Miejsce przyszłego pochówku było już nawet oglądane przez kard. Glempa. Pod naciskiem modlących się ludzi, po spotkaniu z matką księdza Jerzego, Marianną Popiełuszko, prymas zmienił zdanie i ostatecznie za miejsce pochówku wyznaczono plac przy kościele św. Stanisława Kostki.
Przygotowania do pogrzebu zaczęły się w nocy 2 listopada. Na trawniku przed kościołem ustawiono konfesjonały, gdzie ustawiały się kolejki do spowiedzi. Osobna kolejka prowadziła do wnętrza kościoła, gdzie tłum napierał by choć na chwilę zatrzymać się przed trumną.
Około godziny 5 nad ranem wyproszono ludzi, otwarto trumnę, by ją zalutować. Przy zmasakrowanych zwłokach byli obecni jedynie troje hutników, rodzice i rodzeństwo ks. Popiełuszki. O świcie dębową trumnę wyniesiono przed kościół. Została przykryta biało-czerwoną flagą, a na niej kielich mszalny i czerwona stuła.