W XV wieku kościół i klasztor był określany jako San Salvatore della Balbina. Został gruntownie odrestaurowany w 1463 roku. W 1503 roku kompleks został przekazany cystersom, którzy jednak ostatecznie nie założyli tutaj swojego opactwa. W związku z tym w 1513 roku papież przekazał go kanonikom laterańskim. Ponieważ również oni nie byli nim zainteresowani, to od 1573 roku majątek należał do Kolegium Niemiecko-Węgierskiego i początkowo klasztor był wykorzystywany jako miejsce letniego wypoczynku dla studentów i pracowników.
Na początku XX wieku dokonano gruntownej renowacji bazyliki, ukończonej w 1909 roku. Obejmowała ona usunięcie elementów barokowych i powrót do tego, co uznawano wówczas za średniowieczny wygląd kościoła: schola cantorum trafiła przed prezbiterium, ponownie ustawiono cyborium, odnowiono podłogę i tron biskupi. Prace zostały wykonane w oparciu o opis z końca XVI wieku autorstwa Pompeo Ugonio.
W 1931 roku bazylika stała się kościołem parafialnym, parafię św. Saby powierzono jezuitom, którzy nadal nią zarządzają. W 1943 roku miała miejsce kolejna renowacja bazyliki. Przywrócona wcześniej lokalizacja schola cantorum okazała się niepraktyczna w kościele parafialnym i schola została ponownie usunięta.