Wydarzenia 1993 – 28 czerwca w Wiżajnach wykupiony został budynek i teren po byłym zakładzie weterynaryjnym za sumę 2 mld. 311 mln starych złotych. W tym samym roku dokonano remontu budynku celem przystosowania go do warunków nowej strażnicy. Remont kosztował 261 mln starych złotych. 1994 – 16 stycznia w Wiżajnach, nowa strażnica rozpoczęła ochronę wyznaczonego odcinka granicy państwowej. 1995 – 24 kwietnia w ramach operacji „skrzydło” w rejon województwa łomżyńskiego i suwalskiego skierowano nieetatowe grupy funkcjonariuszy do prowadzenia obserwacji i przeciwdziałania nielegalnym przelotom i przerzutom emigrantów drogą powietrzną. Wydzielone siły ze strażnic, kompanii odwodowych i Wydziału Ochrony Granicy Państwowej (WOGP) działały przez okres pół roku). 1996 – 8 maja na odcinku strażnicy Wiżajny zostało zatrzymanych 63 obywateli Afganistanu, w tym 24 dzieci. Grupa została zatrzymana w drodze do Niemiec. Większość stanowiły całe rodziny. Przybysze byli wyczerpani, a dzieci wygłodzone i zziębnięte.