Kluge (2017) na jego genezę rzutowały wpływy zarówno odmiany wyspy Ambon, jak i malajskiego z północnych Moluków, jako że do Papui Zachodniej sprowadzano molukańskich nauczycieli, kaznodziejów i pracowników administracji. M. Donohue (2003) scharakteryzował cechy poszczególnych odmian języka, przypisując im różne związki i specyfikę językową. Według tego opisu odmiany północne „wykazują wyraźny wpływ malajskiego miasta Manado bądź malajskiego Moluków Północnych”, a malajski z zachodniej Ptasiej Głowy to „zasadniczo odmiana malajskiego ambońskiego”. Dane nt. wcześniejszych form malajskiego w regionie, sprzed okresu nasilenia kontaktów zewnętrznych (od II poł. XX w.), mają charakter fragmentaryczny, co utrudnia badanie historii języka.
Do charakterystycznych jego cech należą: szyk possessor-possessum w konstrukcjach dzierżawczych (określnik dzierżawczy przed elementem określanym, wykorzystanie łącznika pu/punya), obecność krótkich form zaimków osobowych (np. sa – 1. os. lp., de – 3. os. lp.), użycie kita jako zaimka 1. os. lp. (w zaniku), zredukowana i mało produktywna morfologia (prefiksy: ter-, pe(n)-, ber-), konstrukcje kauzatywne z wykorzystaniem czasowników kasi („dawać”) i biking („robić”), formy przeczenia tida/tra i bukang. Morfosyntaktyka malajskiego papuaskiego znacząco odróżnia go od zachodnich języków malajskich.