W 1951 w Prudniku odbyły się eliminacje Mistrzostw Polski Włókniarzy w boksie. W walkach półfinałowych centralnych mistrzostw w Łodzi Pogoń zdobyła czwarte miejsce. W sezonie 1952 Pogoń walczyła z Gwardią Opole, z którą miała równą ilość punktów, o mistrzostwo województwa i awans do II ligi. Po trzech meczach rywalizację rozstrzygnięto na korzyść Gwardii. W maju 1954 dwóch pięściarzy Pogoni Prudnik zdobyło tytuł mistrza województwa na indywidualnych mistrzostwach rozegranych w Prudniku. Po reorganizacji rozgrywek w 1956 Pogoń występowała w klasie A.
W październiku 1961 sekcja pięściarska została rozwiązana. Reaktywowano ją w maju 1972. Od 1976 posiadała drużynę seniorów i przystąpiła do rozgrywek ligi okręgowej wrocławsko-opolskiej. Z powodu problemów szkoleniowo-kadrowych i finansowych, w sierpniu 1978 zarząd klubu ponownie rozwiązał sekcję.
12 lutego 2026 sekcja bokserska Pogoni Prudnik została reaktywowana. Jej kierownikiem został Bogdan Batko. Od 16 lutego 2026 klub legitymuje się licencją bokserską.
Zawodnikami sekcji byli m.in. Janusz Zarenkiewicz i Jan Prosowicz.