Kościół został przebudowany i powiększony za papieża Celestyna III w latach 1195-1196, powstała wówczas istniejąca do dzisiaj dzwonnica.
W XVII wieku struktura bazyliki była poważnie uszkodzona przez wilgoć. W związku z tym od 1650 roku rozpoczęto jego odbudowę. Najpierw pracami kierował architekt Cesare Corvara, a od 1706 roku Giovan Battista Contini, który zaprojektował boczne kaplice oraz portyk. Następnie prace przy apsydzie i transepcie prowadzili najpierw Antonio Canevari, a później Nicola Salvi. W kolejnym roku ostatnie poprawki wprowadził Giovanni Domenico Navone. W 1734 roku kościół został konsekrowany po przebudowie. Kontynuowano jednak jeszcze prace w zakrystii i kaplicy chóru. Melchiorre Passalacqua nadzorował dalsze prace nad dekoracją wnętrz w drugiej połowie wieku. Ponieważ problem z wilgocią nie został w pełni rozwiązany, konieczne były kolejne remonty. W 1855 roku Filippo Martinucci ponownie ułożył podłogę oraz pracował przy krypcie. W 1861 roku Filippo Cretoni odrestaurował sztukaterie we wnętrzu. W latach 1930–1940 miały miejsce kolejne prace restauracyjne.
Pod koniec XX wieku zlikwidowano parafię istniejącą przy kościele.