Od 1917 w 1. kompanii inżynieryjnej 1 Dywizji Strzelców Polskich. Był członkiem Polskiej Ligi Wojennej Walki Czynnej. Pracował w redakcji "Wiadomości Wojskowych". 10 lutego 1918 z jego inicjatywy, w twierdzy Bobrujsk, powstał improwizowany pociąg pancerny pod nazwą „Związek Broni”. 21 lutego bierze udział w zwycięskiej walce z bolszewikami we wsi Krasnyj Bierieg. Do 10 maja 1918 bierze udział w walkach i wobec przeważających sił niemieckich kapituluje.
Małagowski zostaje instruktorem w tajne szkole oficerskiej w Kijowie. Zostaje następnie komendantem Oddziału Lotnego POW na Ukrainie gdzie pod dowództwem mjr Leopolda Lisa-Kuli, walczy z Niemcami.
Po wybuchu walk polsko-ukraińskich przedziera się do Krakowa. Z Krakowa wyrusza do dalszej walki już jako członek załogi pociągu pancernego "Śmiały". Po paru dniach, gdy pierwszy dowódca zostaje ranny, obejmuje dowodzenie pociągiem.
W grudniu 1918 bierze udział w walkach pod Niżankowicami, od stycznia następnego roku walczy pod Milatynem i Dolinianami. W marcu pociąg pod dowództwem por.