W tym czasie świątynia pełniła rolę kościoła parafialnego. Kolejna renowacja kościoła miała miejsce w pierwszym trzydziestoleciu XVI wieku. W 1567 roku kościół został przekazany humiliatom, co pociągnęło za sobą likwidację parafii. Już w 1579 roku kompleks został przekazany zgromadzeniu wilhelmianów. W 1589 roku zawaliła się apsyda, która następnie w 1633 roku została częściowo odbudowana. W tym samym roku założono sufit oraz ozdobiono ściany nawy cyklem fresków przedstawiających męczeństwo św. Agaty. W związku z okupacją francuską mnisi opuścili kompleks w 1809 roku. Po przywróceniu rządu papieskiego w 1815 roku kompleks na krótko przejęli jezuici, którzy prowadzili tutaj szkołę, do czasu przekazania budynków Pobożnym Nauczycielkom Filippini w 1820 roku, które z kolei w 1836 roku na polecenie papieża Grzegorza XVI oddały je Papieskiemu Kolegium Irlandzkiemu (Pontificio Collegio Irlandese). W 1926 roku kościół został przekazany Zgromadzeniu Najświętszych Stygmatów.