W 1510 roku papież Juliusz II przyznał administrację kościoła nowo utworzonemu bractwu Confraternità dei Sacerdoti Secolari dei Santi Pietro e Paolo. W 1541 roku kościół został przekazany przez papieża Pawła III Confraternita della Visitazione. W 1588 roku bractwo rozpoczęło program odbudowy. W latach 1591–1594 architektem był Francesco Capriani, po czym nastąpiła ośmioletnia przerwa. Od 1602 roku pracę kontynuował Carlo Maderno z pomocą Filippo Breccioli. Druga faza trwała do 1605 roku i kiedy została zatrzymana, ukończono tylko pierwszą kondygnację fasady. Nowy ołtarz główny wyposażył w 1681 roku Mattia De Rossi. W 1774 roku fasadę ostatecznie ukończył Pietro Camporese. W 1826 roku zostało zlikwidowane bractwo opiekujące się świątynią (noszące wówczas nazwę Congregazione della Visitazione), a kościół trafił pod opiekę Ojców Somaskich. W 1845 roku pożar zniszczył wnętrze. W 1856 roku Luca Carimini ponownie urządził prezbiterium i ołtarz główny. Renowacja kaplic miała miejsce w 1864 roku, a nawy i transeptu w latach 1866–1868. Prace nadzorowali Pietro Gagliardi i Gaetano Morichini.