W porównaniu z innymi użytkowanymi samolotami Oeffag C.II miał niską zwrotność i prędkość wznoszenia. Duża prędkość lądowania i słaba widoczność z kabiny pilota nie pozwalały na użytkowanie ich przez pilotów o małym doświadczeniu. Mimo wszystko samolot cieszył się uznaniem pilotów, był uważany za maszynę lepszą od Hansa-Brandenburg C.I, na której był wzorowany.
Problemy konstrukcyjne próbowano usunąć w drugiej serii produkcyjnej (również liczącej 32 egzemplarze) poprzez zmniejszenie masy własnej samolotu i montaż silnika o mocy 185 KM (140 kW). W lotnictwie austro-węgierskim samoloty Oeffag C.II zaczęto wycofywać z użycia bojowego w 1917 roku i przekazywać je do jednostek szkolnych.
Użycie w polskim lotnictwie Po zakończeniu działań wojennych i wojny światowej 15 samolotów Oeffag C.II zostało przejęte przez odrodzone Wojsko Polskie. Osiem zdobyto na lotnisku w Krakowie, sześć we Lwowie i jeden na lotnisku mokotowskim. Trafiły do 1. eskadry lotniczej bojowej, 2. eskadry lotniczej bojowej i 3. eskadry lotniczej bojowej oraz 9. i 12. eskadry wywiadowczej. Trzy egzemplarze były na wyposażeniu I Niższej Szkoły Pilotów w Krakowie, a później w Bydgoskiej Szkole Pilotów. Na samolocie Oeffag C.II 5 listopada 1918 roku załoga kpt. pil. Stefan Bastyr i por. obs. Janusz de Beaurain wykonała pierwszy lot bojowy polskiego lotnictwa.