W 1923 roku zaczęły wychodzić na jaw nadużycia i skandale w administracji centralnej. Podejrzanymi byli m.in. dyrektor Biura Weteranów Charles Forbes i jego wspólnik Charles Cramer. Dymisję złożył wówczas sekretarz zasobów wewnętrznych Albert Fall. Wiedząc, że afery mogą wyjść na jaw, w czerwcu 1923 Harding udał się w podróż na Alaskę. W drodze powrotnej stan jego zdrowia znacznie się pogorszył i 26 lipca trafił do szpitala w Vancouver. Następnego dnia został przetransportowany do San Francisco. Zmarł nagle, 2 sierpnia 1923, najprawdopodobniej w wyniku zawału serca lub udaru mózgu. Krótko po jego śmierci na światło dzienne wyszły kolejne nadużycia osób z otoczenia prezydenta. W skandale byli zamieszani m.in. sekretarz Marynarki Wojennej Edwin Denby i prokurator generalny Harry Daugherty.
Życie prywatne Warren Harding poślubił Florence Kling de Wolfe 7 lipca 1891 roku. Przysposobił także jej syna z wcześniejszego małżeństwa – Marshalla Eugene’a. Należał do Kościoła baptystycznego. Był nałogowym palaczem, pokerzystą i alkoholikiem.