Badania genetyczne również pozwoliły powiązać rejon Timoru z Nową Gwineą.

Związki zewnętrzne Kwestia pokrewieństwa języków timor-alor-pantar z innymi rodzinami językowymi – zwłaszcza językami Nowej Gwinei – jest obarczona dużą dozą spekulacji. Pierwotnie próbowano je konfrontować z językami północnohalmaherskimi, ostatecznie lokując obie rodziny w ramach języków zachodniopapuaskich (H.K.J. Cowan, A. Capell). Wraz z dalszym rozwojem badań propozycja ta okazała się błędna, a języki timor-alor-pantar zaczęto klasyfikować jako gałąź rodziny transnowogwinejskiej. Jeszcze w 1975 r. nie było całkowitej pewności, do której z grup powinny zostać zaliczone; uważano, że niezależnie od przyjętej klasyfikacji wykazują wpływy obcego substratu językowego. Hipoteza łącząca je z językami transnowogwinejskimi (z ewentualnym wpływem zachodniopapuaskiego podłoża językowego) zadomowiła się jednak w literaturze (pomimo braku wyraźnych dowodów zaczęła być powielana przez innych autorów).